Ya me ha pasado en un par de servidores, que con la config por defecto un simple insert podía tardar hasta 0.3 segundos en completarse.
La solución es poner en my.cnf:
innodb_flush_log_at_trx_commit=0
Esto es para que no se escriban los logs en cada transacción, que hace que vaya mucho mas lento.
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